Der Gedanke eines neuen Konzils geht, nach Angaben Johannes’ XXIII., zunächst auf eine Unterhaltung mit Kardinal Alfredo Ottaviani zurück, die am zweiten Tag des Konklaves geführt wurde, das ihn 1958 zum Papst wählte. Pius XII. soll bereits gegenüber dem Jesuitenprediger Riccardo Lombardi angedeutet haben, dass er damit rechne, dass sein Nachfolger ein Konzil einberufe. Die Päpste Pius XI. und Pius XII. hatten beide jeweils die Fortführung des I. Vatikanums prüfen lassen. Papst Johannes plante von Anfang an ein Konzil, das die Kirche der Gegenwart anpassen sollte; möglicherweise reichen die Motive bis in die Jugendzeit Roncallis zurück (meint Lambert Beauduin).
Dies beschrieb Johannes XXIII. als „Aggiornamento“ (Heutigwerden). Am 25. Januar 1959 gab er dann vor 17 Kardinälen im Kapitelsaal der Patriarchalbasilika St. Paul vor den Mauern völlig überraschend bekannt, dass er ein Konzil für die Weltkirche einzuberufen beabsichtige, dessen Ziel die „Erneuerung“, „größere Klarheit im Denken“ und „Stärkung des Bandes der Einheit“ sein solle.
Die Nachricht der Einberufung des Konzils wurde weltweit mit großer Aufmerksamkeit und sogar Enthusiasmus entgegen genommen. Nicht begeistert von den Plänen bzw. der inhaltlichen Vorgabe war dagegen ein Teil der Kurienkardinäle. Diese, die mitunter bereits die Modernisierungen unter Pius XI. und Pius XII. nicht mochten, befürchteten eine Aushöhlung ihrer Position oder auch der kirchlichen Lehre durch die Anpassung an den gerade herrschenden Zeitgeist. Die kuriale Opposition versuchte deswegen auf die Pläne und Inhalte des Konzils größtmöglichen Einfluss zu nehmen. Da Johannes XXIII. bereits 77 Jahre alt war, spielten sie vor allem auf Zeit. Mit der Apostolischen Konstitution Humanae salutis vom 25. Dezember 1961 erfolgte dann aber die offizielle Einberufung zum Zweiten Vatikanischen Konzil für das Folgejahr.
Am 17. Mai 1959 trat die Kommission zur Ingangsetzung der Vorbereitung, die Commissio antepraeparatoria, erstmals zusammen. Sie stand unter Vorsitz des Kardinalstaatssekretärs Domenico Tardini. Sie forderte weltweit 3500 Bischöfe, Ordensobere und theologische Fakultäten auf, Vorschläge für das Beratungsprogramm der Vorbereitungskommissionen einzureichen. So kamen 2812 Postulate zusammen, die von der Commissio gesichtet und ausgearbeitet wurden.
Danach begann die eigentliche Vorbereitungsphase, eingeleitet durch das Motu proprio Superno Dei nutu vom 5. Juni 1960.
Dazu wurden zehn Vorbereitungskommissionen (Commissiones praeparatoriae) gegründet. Im Gegensatz zu früheren Konzilien, bei denen solche Kommissionen vor allem mit Theologen und Kanonisten besetzt gewesen waren, die auf dem Konzil selbst gar kein Stimmrecht besaßen, waren die Vorbereitungskommissionen des Zweiten Vatikanums etwa zur Hälfte mit Bischöfen und Ordensoberen besetzt. Grundsätzlich wiesen sie aber eine große Nähe zum Kurienapparat auf, der so den entscheidenden Einfluss auf den Konzilsverlauf zu nehmen versuchte.
Der Papst konnte daher einige seiner eigenen Anliegen, vor allem die Ökumene, nur gegen Widerstände in die Vorbereitungen einbringen. Doch über die Inhalte, die das Konzil prägen sollten, hatte sich längst ein weltweiter Dialog entwickelt. Der aus der Schweiz stammende und in Tübingen lehrende Theologe Hans Küng forderte in seinem Buch „Konzil und Wiedervereinigung“ 1960 wirkliche Bemühungen in Richtung Ökumene, eine Reform der Kurie, einen interreligiösen Dialog und die Abschaffung des Index Librorum Prohibitorum. Er fasste damit zusammen, was viele Theologen auch dachten. Diese auch von vielen Laien unterstützten Ziele wurden teilweise auch erreicht.
Um die Federführung der Kurie bei der Vorbereitung auszugleichen, richtete der Papst 1960 das Sekretariat für die Förderung der Einheit der Christen ein, zu dessen Leiter er den deutschen Kardinal Augustin Bea SJ ernannte, vormals Beichtvater von Pius XII. Dieses Sekretariat, und nicht die von der Kurie beeinflussten Kommissionen, denen es gleichgestellt war, war fortan für die Ökumenefragen zuständig. Dieses Vorgehen wurde von anderen christlichen Gemeinschaften begrüßt, da ihnen der Umgang mit der römischen Kurie wenig behagte.
Im Sommer 1961 traten die Vorbereitungen in ihre Schlussphase. Geklärt werden musste vor allem noch der organisatorische Ablauf und genauer, welcher Kreis von Teilnehmern eingeladen werden sollte. Fest stand bis dahin nur, dass die amtliche Sprache des Konzils Latein sein sollte, ohne Rücksicht auf die damals bereits grassierende „Lateinschwäche“ in erheblichen Teilen des Episkopats. Im Frühjahr 1962 lagen 69 Entwürfe zu den unterschiedlichsten Themen vor. Sie waren insgesamt sehr langatmig geraten und in typisch römischem Stil verfasst, schwerfälliger sogar als die Enzykliken der Vorgängerpäpste. Nur die Liturgiekommission präsentierte ein konkretes Konzept, die anderen Vorschläge liefen vor allem darauf hinaus, dass das Konzil mehr bewahren und „festschreiben“ als erneuern sollte. Diese Richtung aber wollten die Vertreter der Ortskirchen nicht einschlagen, was erstmals zeigte, dass die Kurie gegenüber den Bischöfen an Einfluss verloren hatte.
Johannes XXIII. verzichtete darauf, zu den Vorschlägen der 69 Entwürfe konkret Stellung zu nehmen. Auch gab er nicht vor, was der Schwerpunkt des Konzils sein sollte.
Er wollte einem freien und selbstständigen Konzil (ohne Tabufragen) zumindest eine Chance geben. Allerdings dachte er wohl an eine zügige „Abwicklung“ desselben.
Die Eigendynamik konnte sich jedoch entwickeln; um so letztlich zu seinem Ziel, einem „neuen Pfingsten“ für die Kirche führen zu können.
Der pastorale Methodenwechsel, den Papst Johannes XXIII. als Aggiornamento einleitete und den Paul VI. mit il Dialogo überschrieb (Enz. Ecclesiam Suam, 1964), hat aber seinen Ursprung bereits in den Tagen des Ersten Weltkrieges, dessen brutale Erschütterungen (jedes optimistischen Humanismus) bis heute anhalten. Damals gebot Papst Benedikt XV. den Übertreibungen des Antimodernismus, angesichts der Katastrophe, sofort Einhalt, um die Einheit der Kirche als supranationale Instanz zu retten.
Papst Pius XI. hatte gleichfalls die fundamental neue Lage der Welt von heute in ihren Umrissen erkannt und daher den Frieden Christi im Reiche Christi zum Programm seines Pontifikats gemacht. Unter Pius XII. vollzieht der Katholizismus, belehrt aus dem Zweiten Weltkrieg, einen weiteren Fortschritt, sowohl in der Weltgeltung ad extra als auch hinsichtlich des katholischen Programms. Aus heutiger Sicht ist die Schlussfolgerung erlaubt, dass sämtliche Päpste seit Pius IX. mehr und mehr auf das II. Vatikanum zusteuerten, um der modernen Welt einen geistlichen Begriff der Kirche anzubieten.
Dieser geistliche Begriff der Kirche, der im Sakrament wurzelt, umfasst Treue zur Tradition und jeweilige Anpassung an die Gegenwart gleichermaßen. Er stärkt mithin das Lehramt der Kirche, auch ihr Hirten- und Priesteramt, das zu den notwendigen Maßnahmen befugt ist. Immer existiert in der Kirche also eine notwendige Intransigenz einerseits, also eine Kompromisslosigkeit im Wesentlichen, aber auch die Fähigkeit zu angemessener Erneuerung im Horizont der Zeit, also eine notwendige Modernität.
Das Konzil begann am 11. Oktober 1962. In einer großen Prozession zogen die 2498 Konzilsväter in den Petersdom der Vatikanstadt ein. Dabei trug Johannes XXIII. nicht die päpstliche Tiara als Zeichen der Macht, sondern eine seiner päpstlichen Mitren, und demonstrierte sich somit als Hirte, und nicht als Herrscher.
Auch nutzte er den päpstlichen Tragesessel nur auf dem Petersplatz, um besser gesehen werden zu können. In der Peterskirche ließ er anhalten, stieg herab und ging den Rest zu Fuß.
Bischöfe aus 133 Ländern waren anwesend. Das Innere des Petersdoms selbst war zu einer gigantischen Konzilsaula umgebaut worden. Im Mittelschiff fanden sich auf beiden Seiten 90 Meter lange, ansteigende Tribünen, von denen aus debattiert wurde. Der Verhandlungsverlauf des Konzils ist in vier Sitzungsperioden zu gliedern.
Schon die ersten Sitzungen – genannt allgemeine Kongregationen (Zusammenkünfte) – deuteten darauf hin, dass es zu einer Auseinandersetzung zwischen den „Erneuerern“ und „Bewahrern“ kommen musste. Die Kurie wollte das Konzil maßgeblich bestimmen und versuchte, auf die Besetzung der wichtigsten Positionen und auf die Tagesordnung entscheidenden Einfluss zu nehmen. Erste „Nagelprobe“ war dabei die Besetzung der zehn Konzilskommissionen am 13. Oktober 1962.
Die zehn Konzilskommissionen entsprachen in Zahl und Aufgabenbereich den zehn Vorbereitungskommissionen. Sie hatten die Aufgabe, die Ergebnisse der Beratungen über die Schemata in der Generalversammlung einzuarbeiten und das überarbeitete Schema dann erneut der Generalversammlung vorzulegen. Die Kommissionen sollten aus je 24 Mitgliedern bestehen, wobei 16 von den Konzilsvätern gewählt, die übrigen acht durch den Papst ernannt werden sollten. Das Generalsekretariat des Konzils ließ zu den Wahlzetteln Listen austeilen, auf denen 16 Namen von Konzilsvätern verzeichnet waren, die schon der entsprechenden Vorbereitungskommission angehört hatten. Diese aber waren demnach Kandidaten der Kurie. Die anwesenden Bischöfe verlangten daraufhin, die Mitglieder der Kommissionen selbst bestimmen zu können und beantragten eine Vertagung, um sich genauer mit den Kandidaten auf der Liste befassen zu können. Als versucht wurde, dies zu ignorieren, ergriffen die Kardinäle Achille Liénart und Josef Frings das Wort und setzten im Namen der Konzilsväter deren Vorstellungen durch. Die Wahl wurde vertagt. Diese Sitzung wurde später als der eigentliche Aufbruch des Konzils bezeichnet, da deutlich wurde, dass sich die anwesenden Bischöfe als „das Konzil“ verstanden und sich nicht den Vorschlägen der Kurie fügen wollten.
Nach der Vertagung wurden vor allem von deutschen und französischen Konzilsvätern neue Listen ausgearbeitet. Das Konzil erhielt die Eigendynamik, die Papst Johannes XXIII., bereits schwer krank, billigte. Die entstandene Dynamik war jedoch zunächst noch nicht auf ein klares Ziel ausgerichtet. Auch diese Zielbestimmung hatte der Papst dem Konzil überlassen, das hiermit jedoch zunächst überfordert war. Erst der Erzbischof von Mailand, Kardinal Giovanni Battista Montini, der spätere Papst Paul VI., schlug in einem elfseitigen Brief an den Papst die Konzeption der doppelten Thematik der Kirche ad intra und ad extra vor. Er plädierte nach außen für eine Ausweitung des vom Papst selbst initiierten ökumenischen Dialogs, nach innen für eine Befassung mit dem Wesen der Kirche und ihrer Reform sowie die Einteilung des Konzils in drei Sitzungsperioden. Das Konzil nahm diese bereits vom belgischen Kardinal Leo Josef Suenens unter Bezugnahme auf eine Papstansprache vom 11. September 1962 vorformulierten Gedanken mit großer Zustimmung an, was für das von Ottaviani vertretene Hl. Offizium einen ersten „Machtverlust“ bedeutete. Die Richtung des Konzils war damit vorgegeben. Am 8. Dezember 1962 endete die erste Sitzungsperiode.
Die zweite Sitzungsperiode wurde am 29. September 1963 von Papst Paul VI. eröffnet. Dieser war am 21. Juni desselben Jahres zum Nachfolger des inzwischen verstorbenen Johannes XXIII. gewählt worden. Die Sitzungsperiode sollte zu den ersten Dokumenten, und damit zu den ersten greifbaren Ergebnissen führen. Sie war dabei weiter vom Gegensatz zwischen konservativen und progressiven Kräften bestimmt (vgl. Coetus Internationalis Patrum). Das Konzil diskutierte unter anderem, welche Rolle den Bischöfen in Zukunft zukommen solle. Progressive Kräfte befürworteten eine größere Gemeinschaft, wenn auch nicht an Stelle eines Unterordnungsverhältnisses gegenüber dem Primat des Papstes, der ja ebenfalls zuerst Bischof ist. Diesen Gedanken der Gemeinschaftlichkeit (Kollegialität, Kirche als communio) versuchten die konservativen Kräfte zu unterbinden. Am 8. November 1963 kam es daher zu einer historisch gewordenen Protestrede. Der Kölner Kardinal Josef Frings – eine der prägendsten Figuren des gesamten Konzils – protestierte gegen eine Kampagne konservativer Kräfte und wandte sich schließlich gegen die Institution des Hl. Offiziums und seines Sekretärs, Kardinal Ottaviani. Das Offizium, so Frings, verkörpere Methoden und lege ein Verhalten an den Tag, das nicht dem geistigen und geistlichen Rang von Bischöfen und Theologen entspreche. Man muss daran erinnern, dass das Offizium nach Aktenlage entschied, ohne Verfahrensgarantien und seine Entscheidungen nicht einmal begründen musste. Assistiert von seinem Peritus, dem jungen Theologieprofessor Joseph Ratzinger, sprach sich Frings für eine „Reform des Offiziums“ aus, die von Paul VI. bereits 1965 durchgeführt wurde. Erster Präfekt der Kongregation für die Glaubenslehre, so der neue Name des reformierten Hl. Offiziums, wurde Kardinal Ottaviani (bis 1968). Zwei Dokumente konnten verabschiedet werden. Am 4. Dezember 1963 beschloss das Konzil Sacrosanctum Concilium, die Konstitution über die Liturgie. Auf ihrer Grundlage sollte später die Liturgie reformiert werden. Mit diesem Beschluss und der Verabschiedung von Inter mirifica am 4. Dezember 1963 endete die zweite Sitzungsperiode. Unter dem Pseudonym Michael Serafian veröffentlichte Malachi Martin SJ anschließend das Buch Der Pilger, in dem er hellsichtig analysierte, dass Papst Paul VI. bereits in einen Gegensatz zu seinem Vorgänger getreten war, indem er der „Partei“ der Kurie wieder stärker entsprach. Diese Beobachtung bestätigte sich nach Meinung seiner Kritiker in der Folgezeit.
Die dritte Sitzungsperiode begann am 14. September 1964. Am 19. November 1964 sollte das Dekret zur Religionsfreiheit verabschiedet werden. Das Konzil geriet in eine Krise, als die Sitzung, in welcher der Beschluss gefasst werden sollte, kurzfristig vertagt wurde. Im Vorschlag war eine Abkehr vom alten Anspruch der katholischen Staatslehre vorgesehen, dass der Kirche als Vertreterin der wahren Religion der Vorrang vor „dem Irrtum“ auch im gesellschaftlichen Zusammenleben einzuräumen sei. Trotz einer Mehrheit, die sich für eine Abstimmung über das Dekret aussprach, entsprach der Papst dem Wunsch der Konservativen, die um eine Vertagung gebeten hatten. Erst 1965 wurde diese Korrektur des katholischen Absolutheitsanspruchs mit dem ausgereifteren Dokument Dignitatis humanae beschlossen.
Nachdem klar geworden war, dass die konservativen Kräfte der Kurie auf dem Konzil nicht nur in der Minderheit waren, sondern auch ihren Einfluss nur noch partiell geltend machen konnten, wurden die Dokumente der dritten und vierten Sitzungsperiode, obgleich von den 3-5 % „Bewahrern“ weiter heftig kritisiert, geräuschloser verabschiedet als in der vorangegangenen zweiten Sitzungsperiode. Zu gravierenden Konflikten kam es jedoch noch im Vorfeld der Verabschiedung von Lumen Gentium am 14. November 1964, als der Papst, wiederum, wie so oft, mit großer Rücksicht auf die kleine, konservative Minderheit die Beifügung einer erläuternden Vorbemerkung (Nota explicativa praevia) zur Interpretation des Begriffs „Kollegium (der Bischöfe)“ zugunsten des päpstlichen Primats verfügte.
Die Integration der Minderheit wurde zu seinem wichtigsten Anliegen, die auch zu päpstlichen Korrekturen des Ökumene-Dokuments, von Dei Verbum und der Erklärung zur Religionsfreiheit führte. Wichtigste Dokumente waren neben Lumen Gentium über die Kirche und Dei Verbum über die Göttliche Offenbarung auch Nostra Aetate zu den nichtchristlichen Religionen und Dignitatis humanae über die Religionsfreiheit. Die pastorale Konstitution Gaudium et Spes weitet den kirchlichen Weltauftrag aus, indem sie sich breit zu Fragen der Wissenschaft, Kultur, Politik, Familie und zum Weltfrieden äußert. Die vierte Sitzungsperiode wurde dann, aufgrund des Willens der Mehrheit der Konzilsteilnehmer, durch den Papst anberaumt, um einen sinnvollen Abschluss des Konzils zu ermöglichen, als sich während der dritten Periode die große Zeitknappheit abzeichnete. Das Konzil schloss am 8. Dezember 1965 mit besonderen Botschaften an die Welt, u. a. an die Regierenden, die Arbeiter, die Intellektuellen, die Frauen und die Jugend. Noch während das Konzil tagte, hatte sich seine Dynamik in eine Eigendynamik des Klerus und der Theologie vor Ort übertragen, die um 1968 in eine offene Autoritätskrise ausbrach (vgl. Humanae Vitae).
Der für die Durchführung und Vollendung des letzten Konzils verantwortliche Papst Paul VI. zeigte sich im Jahr 1972 mehrfach irritiert darüber, dass statt der erhofften Belebung und dem geistlichen Wachstum, das vom II. Vatikanum ausweislich sämtlicher Dokumente bezweckt war, das Gegenteil einzutreten schien. Häufig zitiert wird eine Äußerung dieses Papstes vom 29. Juni 1972. Zu Beginn seines zehnten Pontifikatsjahrs hatte der Papst eine Predigt in freier Rede gehalten. Er brachte seine Enttäuschung über die Nachkonzilszeit unerwartet offen zum Ausdruck. Nach einem Bericht von Erzbischof Agostino Casaroli, späterer Kardinalstaatssekretär, hatte der Papst auch von seinem Eindruck gesprochen, als ob durch irgendeinen Spalt der Rauch Satans in den Tempel Gottes eingedrungen sei, um die Früchte des Konzils zu verderben.
Gemeint war damit, nach Überzeugung von Philippe Levillain, im Dictionnaire historique de la papauté zu Paul VI., insbesondere das Problem um die Traditionalistenbewegung von Marcel Lefebvre (gegr. 1970). Demnach stellte der Widerstand gegen das Konzil (vgl. Religionsfreiheit) und die Liturgiereform seitens des Traditionalismus für den Papst damals eine Bewährungsprobe dar, die er persönlich zumindest so bedrängend empfand, wie den Protest gegen seine letzte Enzyklika Humanae vitae. Denn während alle alten und modernen Häresien schon einmal Konjunktur hatten, wieder stärker oder schwächer werden, begriff Papst Paul VI. den sich dort abzeichnenden Traditionsbegriff als gefährlich. Diese lehren einen vermeintlich zwingenden Gehorsam gegenüber dem „traditionellen“ Papsttum (d. h. so wie sie es subjektiv auffassen), der sich im Widerstand gegen den amtierenden Papst zu beweisen habe. Trotz heftiger Aktivität, insbesondere seit einer Grundsatzerklärung Marcel Lefebvres vom 21. Nov. 1974, konnte der Traditionalismus aber nur eine geringe Reichweite unter den Katholiken erreichen; die Zahl der auf diese Interpretation der Tradition fixierten Anhänger dürfte weltweit deutlich unter 100.000 Personen liegen. Jedoch gibt es wesentlich mehr Freunde der „alten Liturgie“, die aber die Ansichten des Erzbischofs Lefebvre nicht billigen.
Plausibel wird diese Gegenbewegung gegen Papst und Konzil jedoch aus der stürmischen Entwicklung der vorangegangenen Jahre. In der Interpretation der Konzilsbeschlüsse, insbesondere in Nord- und Westeuropa und Nordamerika, gewann bisweilen eine Deutung das Übergewicht, die das Konzil als Abkehr von der Tradition und Bestätigung einer neuen Auffassung von der Kirche sah. Diese Deutung konnte von traditioneller Seite als Wiederbelebung des Modernismus aufgefasst werden, wenngleich diese Deutung, anders als der Modernismus (und der Integralismus) das sakramental verfasste kirchliche Amt (vgl. Hierarchie) nie vollends in Abrede stellte.
Es wird angenommen, die nachkonziliare Krise beruhe zum Teil darauf, dass trotz notwendiger und erfolgreicher Verurteilung modernistischer Lehren seit Pius X. (bestätigt durch sämtliche Nachfolger, implizit z.B. auch in Deus caritas est, insb. Nr. 12-15, 37-39), die bloße Lehrverurteilung schon um 1907 (vgl. Enzyklika Pascendi) als Methode nicht mehr ausreichte, um das Weiterwirken von mit Irrtum behafteten Auffassungen inmitten der Kirche zu verhindern. Nicht nur in Teilströmungen der so gen. Nouvelle théologie der 1940er Jahre (vgl. Enz. Humani generis, 1950), auch in dem als Holländischer Katechismus von 1966 bekannt gewordenen Werk wurden diese älteren Tendenzen, die jedenfalls bis zu Reimarus († 1768) zurückreichen, partiell von neuem spürbar.
Sofern der Kampf gegen die Liturgiereform („neue Messe“) ein Instrument war, um die (ursprünglich seitens des sog. Neo-Modernismus inszenierte) Hermeneutik des Bruchs nun auch seitens des Traditionalismus zu untermauern, hat Papst Benedikt XVI. mit dem Motu Proprio Summorum Pontificum von 2007 (Freigabe der „alten Messe“) die Perspektive der Kontinuität gestärkt, was jedenfalls der Autorität des Konzils zugute kommt.
Manche Theologen erwägen heute, ob etwa die nachkonziliare Krise des 20. Jahrhunderts zugleich den Abschluss der Krisenerscheinungen nach dem I. Vatikanum markiert. Denn der vorzeitig erzwungene Abbruch und evtl. eine unzureichende Vermittlung der Ergebnisse von 1870, haben die Deutung des II. Vatikanums als Distanzierung vom I. Vatikanum möglich gemacht. Wahrscheinlich können beide vatikanischen Konzilien letztlich nur in einer gemeinsamen Perspektive erfolgversprechende Akzeptanz erzielen.
Die nachkonziliare Krise ist auch nicht unabhängig von der Krise jedweder Autorität seit 1914 zu bewerten. Vermutlich ist die Reichweite der Krise voll identisch gewesen mit dem Zusammenbruch überlieferter Autoritäten (Monarchie, ländliche Großfamilie, traditioneller Sozialkonsens in der Moral), welche die religiöse Praxis, vor allem in der europäischen Zivilisation, zuvor noch stützten. Überwunden wird die Krise, falls diese Hypothese zutrifft, dann genau in dem Maße, wie die Legitimität eines geistlichen Autoritätsbegriffs die freiwillige Zustimmung (innerhalb der Pluralität der modernen Gesellschaft) gewinnt.
Nicht zur nachkonziliaren Krise im eigentlichen Sinne gehören nur-theologische Probleme, etwa in der Christologie, da diese während der ganzen Geschichte der Kirche unvermeidlich sind.
Schärfste Kritik am II. Vatikanischen Konzil kommt insbesondere von Traditionalisten wie z. B. Marcel Lefebvre (oder, weniger prominent Hans Milch und Heinz-Lothar Barth), die das Konzil für eine Abwendung vieler Menschen vom Glauben verantwortlich machen. Der Integralismus akzeptiert überdies die unzweideutige Loslösung der kirchlichen Identität von bestimmten gesellschaftspolitischen Vorstellungen nicht.
Auch fortschrittlich orientierte Religionskritiker kritisieren das Konzil, aber als zweifelhaften Versuch der katholischen Kirche, sich nur äußerlich einen modernen Anstrich zu geben, während es im Prinzip das katholische Dogma intransigent verteidigt habe. 1981 legte der Psychoanalytiker und Soziologe Alfred Lorenzer eine umfassende Kritik der Liturgiereform des II. Vatikanischen Konzils vor. Lorenzer warnt darin „vor den verhängnisvollen Auswirkungen der Liturgiereform, die die Gläubigen der subjektvernichtenden Tendenz des "Zeitgeistes" ausliefert“.
Die interne Kritik bezieht sich entweder auf die nur schleppende oder zu forsche Umsetzung der Beschlüsse oder auf die Forderung nach einem neuen Konzil, da das II. Vatikanum bereits überholt sei. Die liberale Kritik sieht im Konzil nur einen ersten Anfang und zielt, darin in Harmonie mit dem Modernismus zu Beginn des 20. Jh., auf die Ersetzung des kirchlichen Amtes durch einen theologisch-wissenschaftlichen Führungsanspruch, ohne zu problematisieren, dass dieser im Volk nicht vermittelbar ist. Das Prinzip des Katholizismus, die Fragen der Religion mit einem (amtlich strukturierten) geistlichen Vorrang vor Staatspolitik und Gesellschaftsleben auszustatten, sieht diese Kritik (vgl. Laizismus) als obsolet an.
Wenig beleuchtet wurde bislang das Problem, dass die intensive innerkirchliche Rechtsetzungstätigkeit seit 1965, römischen und noch mehr regionalen Ursprungs, obwohl oft im Namen einer Aufwertung der Laien vollzogen, die Folgebereitschaft der gewöhnlichen Christen oft stark strapaziert hat. Die geistliche Autorität des Klerus überzeugt aber am ehesten dort, wo sie zur Selbstbeschränkung auf ihre „Kernkompetenz“ fähig ist. Dies ist möglicherweise in der typischen Pfarrei weniger geglückt als in neuen geistlichen Bewegungen (vgl. Movimenti).
Die vier Konstitutionen des Konzils sind verbindliche Lehre der Kirche, nehmen jedoch für sich keine Unfehlbarkeit in Anspruch, da das Konzil nicht dogmatisch, sondern pastoral lehren wollte. Die übrigen Dokumente sind nicht als Konstitutionen verfasst und stehen im Rang unter diesen. Zweifel an der Verbindlichkeit des Konzils kamen in der Rezeptionsphase aufgrund der von der Tradition abweichenden pastoralen Lehrweise immer wieder auf. Das Konzil selbst jedoch gibt (in der nota praevia zu Lumen Gentium und in der Fußnote zu Gaudium et Spes) Richtlinien zur Rezeption vor. Zudem kann auf eine Erklärung des Generalsekretärs des Konzils Pericle Felici in der 123. Generalkongregation am 16. November 1964 verwiesen werden, worin es heißt: „Unter Berücksichtigung des konziliaren Verfahrens und der pastoralen Zielsetzung des gegenwärtigen Konzils definiert das Konzil nur das als für die Kirche verbindliche Glaubens- und Sittenlehre, was es selbst deutlich als solche erklärt. Was aber das Konzil sonst vorlegt, müssen alle und jeder der Christgläubigen als Lehre des obersten kirchlichen Lehramtes annehmen und festhalten entsprechend der Absicht der Heiligen Synode selbst, wie sie nach den Grundsätzen der theologischen Interpretation aus dem behandelten Gegenstand oder aus der Aussageweise sich ergibt“.